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北京大学席鹏团队开发保真优先的荧光显微镜反卷积方法

上海研润 | 2024-09-06 | 浏览量:63
北京大学未来技术学院的席鹏教授团队提出了一种新的多分辨率反卷积算法,旨在重塑荧光成像中的噪声控制模型和分辨率提升机制。该方法有效提高了反卷积算法在低信噪比条件下的恢复能力,并克服了传统反卷积在分辨率提升时产生伪影的问题。

荧光显微镜作为活细胞成像中的重要工具,近年来随着超分辨率显微镜的发展,打破了传统荧光显微镜的衍射极限,使科学家得以观察更为精细的细胞结构。然而,成像过程中的随机噪声和光学模糊严重影响了荧光成像质量,尤其在面对高光子剂量时,细胞的状态受到影响,光漂白现象的出现增加了获得高信噪比图像的难度。此外,在超快成像中,由于曝光时间不足也会制约高信噪比图像的获得。综合来看,荧光成像中的成像速度、持续时间与分辨率等关键参数均受到限制。

为了提高荧光成像的质量,反卷积算法(deconvolution)在该领域得到了广泛应用,其通过以低光子预算,从丰富的噪声中恢复荧光信号,以提高成像的时空分辨率。然而,尽管现有算法在增强成像质量方面显示出潜力,其在保真度及分辨率提升方面仍存疑。特别是在低信噪比的情况下,反卷积算法的有效性亟待改进。

在此背景下,北京大学未来技术学院的席鹏教授团队提出了一种新的多分辨率(Multi-resolution analysis, MRA)反卷积算法,旨在重塑荧光成像中的噪声控制模型和分辨率提升机制。该方法有效提高了反卷积算法在低信噪比条件下的恢复能力,并克服了传统反卷积在分辨率提升时产生伪影的问题。该研究成果发表在《eLight》期刊,题为“Multi-resolution analysis enables fidelity-ensured deconvolution for fluorescence microscopy”。

研究者首先分析了传统的反卷积算法在处理荧光成像时的缺陷,包括利用全变分(total variation)和海森(Hessian)正则的不足。他们指出,尽管这些方法在特征提取方面具有一定优势,但往往不能有效区分荧光信号与背景噪声。为此,研究者提出了两个关键属性来区分荧光信号与噪声:其一是跨边缘的高对比度,其二是沿边缘的高连续性。通过利用多尺度framelet和curvelet变换,研究者成功提取了荧光信号中的这些特征,称为MRA正则化方法。

在分辨率提升机制上,研究者发现Richardson-Lucy迭代因其统计估计特性容易产生伪影,而基于物理模型的逆滤波则需要大量迭代,容易被噪声淹没。相对而言,MRA正则化方法通过提供更精确的荧光噪声模型,有效控制逆滤波过程中的噪声并保留高频细节。此外,研究者提出了一种加速FISTA迭代策略,使得反卷积过程在较短的计算时间内完成上千次约束逆滤波迭代,从而恢复更多高频细节。

在多种成像条件下的验证实验中,研究者成功地将信噪比提升了2-10 dB,并利用宽场-SIM、线性SIM、Confocal-SoRa等多种数据验证了相较于传统Richardson-Lucy方法,MRA反卷积算法具有显著优越的保真性,能与超分辨显微镜获得的高频细节几乎一致。

此外,研究者进一步提出了层切多分辨率分析反卷积算法(SecMRA),通过引入新设计的偏置稀疏正则,显著提高了在强背景图像处理中的效果。这使得在处理宽场图像时,SecMRA能够达到类似共聚焦显微镜的层切效果,从而在保证高质量成像的同时,降低活细胞成像的光毒性。

为将该技术推广给更广泛的用户,研究者在算法中提供了解决超参数调整的方案,采用曲线波系数稀疏度来估计噪声强度,进而实现参数的自动确定。此外,他们还开发了用户友好的GUI软件,并开源了所有相关代码和荧光图像原始数据,便于用户和开发者的使用。

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